1、阴凉处保存。由于羊肚菌其菌盖表面凹凸不平，状似羊肚，故而得名。羊肚菌一般生长在树林中，其中含有大量的水分及碳水化合物，很容易滋生细菌而腐烂，保存时间极短，如果羊肚菌的量不是很多的话，可以将它摊放在阴凉干燥处保存，注意避免潮湿，避免阳光直射，温度也不宜过高，一般可以保存1-2天左右。
2、冰箱保存。冰箱中的温度比较低，可以很好地抑制细菌的繁殖和滋生，将羊肚菌放入冰箱保存，可在一定程度上延长其保存时间，但是冰箱冷藏层中水汽比较足，将羊肚菌放入冰箱保存之前要将表面的水分擦干，然后用保鲜袋装好再置于冰箱中，一般可以保存2-3天左右。若是羊肚菌的量比较多，也可以将其置于冷冻层保存，一般可以保存1周左右，但是在保存过程中，其中的营养成分会有所流失，口感也会有所改变，所以建议最好尽早食用。
3、真空保存。如果家里有条件的话，可以将羊肚菌擦干水分后放入真空袋中，然后利用真空机将里面的空气抽走，这样不仅可以保持羊肚菌的鲜味，还可以延长其保存时间，一般真空保存的羊肚菌可以保存半个月左右，不过要注意，羊肚菌保存之前千万不能用水清洗，否则会加速腐坏速度。
4、晒干保存。如果羊肚菌的量特别多，或者暂时不打算食用的话，建议可以将它置于烈日下晒干或用烘干机烘干其中的水分，将它做成干羊肚菌，然后装入自封袋中，封好口，置于阴凉处保存即可，这样的处理过的羊肚菌一般保存时间会比较长。
